资源中心
中心建有玉米泛基因组数据平台,Oryza AA lncRNA数据库平台,课程教学网站等,为科研人员提供全方位的技术支持和资源共享服务,促进科研成果转化和应用。
中心建有玉米泛基因组数据平台,Oryza AA lncRNA数据库平台,课程教学网站等,为科研人员提供全方位的技术支持和资源共享服务,促进科研成果转化和应用。
中心拥有高性能计算集群,为科研人员提供强大的计算支持。计算集群包括:CPU节点62台,总核心数3256;FAT胖节点2台;GPU计算节点1台;存储空间总容量超1PB。计算资源主要用于基因组组装、变异检测、转录组分析、蛋白质结构预测等计算密集型任务。
此外,我们还为课程学生以及新手们提供了教学集群,为新手和学生们提供与超算主集群几乎一样的linux环境,作为入门锻炼的平台,在这里你可以不断试错,快速上手Linux基本用法,待学成归来就可以放心到超算上运行任务啦!
平台安装有生物信息学分析工具,根据用户需求为师生配置不同软件,并保持更新。使用Module Environment进行软件环境管理。用户在集群中使用module av命令查看所有可用软件环境,使用module load命令加载需要的软件环境,即可在集群中使用该软件。
基因组组装和注释工具:jellyfish、fastp、bwa、hisat2、Augustus
变异检测和分析工具:bcftools、STAR、gatk、syri
转录组分析工具:stringtie、R-base
功能基因组学分析工具Interproscan、gromacs
进化分析工具:iqtree、mcScan